В церкви было три престола. Главный - в честь Свя­тых Космы и Дамиана, придельные - в честь Святых Саввы Освященного и Митрофания Воронежского.  В приделе находилась икона Святого Мученика Сисиния. Святой считался целителем от лихорадки. Служба в Митрофаниевском приделе совершалась только в храмовые праздники.

До 1869 года в церкви по штату полагались два свя­щенника и четыре псаломщика. В 1855 году вместо чет­вертого псаломщика учреждена должность дьякона. По штатам 1876 года положено быть одному священнику и одному псаломщику в дьяконском сане.

К югу от церкви сохранилось основание большой, в пять пролетов, звонницы, которая была перестроена в колокольню. Построена она одновременно с церковью. В древности это была самая высокая звонница Пскова. В основании её были устроены кладовые, которые сдава­лись в аренду в пользу церкви. На ней висели пять коло­колов, самый большой колокол весил 80 пудов. На большом колоколе была надпись: «Божию милостию и Пречистыя Его Богоматери заступлением и помощию святых чудот­ворцев Космы и Дамиана и преподобного Саввы Освя­щенного и всех святых молитвами при державе православ­ного царства благоверного и христолюбивого Великого Князя Ивана Васильевича Царя и Государя всея Руси в лето 7055 (1547) месяца декабря 25 день и в память иже во плоти Рождества Христова лит сей колокол области Святыя Живоначальныя Троицы во Псков ко храму свя­тых чудотворцев и бессребреников Космы и Дамиана на Запсковье повелением раб Божиих старанием Василия Яковлева сына рыбника Чюхна да Киприана Нефедова сына иконного мастера и всех сусед Козмодемьянского прихода при архиепископе Новаграда и Пскова владыке Феодосии да священиц Микиты, Козьмы и Оксентия при диаконе Ананьи, а мастер преименита и славна гра­да Москвы Андреев сын Михаиле Слава Богу во веки веков. Аминь». Надпись на втором колоколе была следующей: «Божию милостию и Пресвятыя Его Матери и Святыя Троицы помощию слит колокол сий лета 7123 (1615) декабря 6 день на память во святых отца нашего Николы Чудотворца к боголепному Преображению Го спода Бога Спасителя Иисуса Христа, что у старого Ко стра Середнего Города при державе царства благоверного христолюбивого Царя и Государя и Великого Князя Ми хаила Феодоровича всея Руси и при епископе Сильвестре Псковском и Изборском, а делали Савва да Кузма ... города». Остальные колокола надписей не имели.

При церкви существовало приходское попечитель ство, в конце XIX - начале XX веков существовал приют для бедных. 1 сентября 1904 года учреждена церковно-приходская школа. В 1914 году в ней обучались 49 учеников. Содержалась школа на деньги, получаемые от лавки Кирилло-Мефодиевского братства за аренду ею помещений при приписной церкви Михаила Архан гела. Пожертвования на церковь и приют делали псков ские купчихи вдова Евдокия Д. Васильева, Варвара В. Гуляева, Матрёна Афонская, псковские мещанки Елена Побойнина, Стефанида Рындина, Игнатьева, псковские купцы Иван Туренин, Василий Никифорович Фролов, Сила Васильев, крестьянин Никита Фадеев, дворянка Александра Флоринская, вдова священника Александра Ивановна Павская и многие безвестные прихожане.

Часовен в приходе не было.

С 1914 года священником был Владимир Алексан дрович Павский, дьяконом-псаломщиком - Василий Ильич Рудаков. С 1903 года старостой был псковский купец Григорий Филиппович Чернов.

29 мая 1920 года составлен акт отделом управления Псковского  уездно-городского  исполкома   о   передаче церкви религиозному обществу. Со стороны верующих акт подписал священник Павский. Дальнейшая его судь­ба неизвестна.

14 января 1939 года на заседании Псковского окрисполкома рассмотрено ходатайство фабрики «Шпагат» о передаче ей церкви Космы и Дамиана с целью оборудо­вания в ней клуба. Ходатайство было отклонено, в церк­ви решено разместить зернохранилище.

В годы Великой Отечественной войны церковь по­лучила повреждения в результате бомбежки и была сож­жена. Звонница церкви сильно разрушена авиабомбой. В церкви уничтожены крыша, все деревянные части храма, из стен притвора выломана изразцовая плитка XYI века, полностью уничтожен иконостас.