1 сентября 1635 года в сан архиепископа Псковского и Изборского Патриархом Иоасафом возведен архимандрит московского Симонова монастыря Левкий. Ему пришлось возглавить епархию в годы, когда начиналось восстановление Российской государственности, налаживание экономики разорённого войнами государства. В 1636 году псковичам запретили свободную торговлю льном. Теперь было велено лен продавать по твердой цене «на Государя». Твердая цена на лен, и в то же время низкая покупательная способность рубля довели очень многих до разорения, вызвали возмущение среди народа. Архиепископ в своих проповедях не раз обращался со словами вразумления и осуждения людей, творивших «насильства и грабежи». Но успокоить людей, еще недавно живших в достатке, а теперь потерявших все, было делом крайне трудным. Для облегчения их материального положения царь Михаил Федорович в 1639 году по ходатайству псковских старост и духовенства своей грамотой освободил псковичей от взноса с каждого двора 2 рублей за сдаточных людей во время Крымской войны. Видимо, власти считали, что архиепископ Левкий проявлял недостаточно усердия в призыве псковичей к спокойствию, миру, подчинению светским властям. В 1649 году он был лишен епархии, отозван в Москву. Скончался в Москве 4 августа 1654 года, во время морового поветрия (эпидемии). Место захоронения его не известно. 4 ноября 1649 года Патриархом Иоасафом II в сан архиепископа Псковского и Изборского возведен Макарий. В 1641 году архиепископом Левкием он был поставлен архимандритом Снетогорского монастыря. Как игумен Снетогорского монастыря он являлся одним из кандидатов на Патриарший Престол. С 1643 года Макарий - архимандрит Псково-Печерского монастыря. На Псковскую кафедру Макарий вступил в трудное время. В Москве вспыхнуло восстание, направленное против царской родни. Дядька и родственник Алексея Михайловича Морозов, женатый на сестре царя Марии, потворствовал родне брать взятки, вымогать выкуп у невинных людей, расхищать казну, народ отягощать налогами. Озлобление москвичей откликнулось во Пскове. В 1650 году резко поднялись цены на хлеб, начался голод. В свое время Швеция, воспользовавшись Смутным временем, захватила часть русских земель. Прошли годы, но Россия все еще не достигла своего могущества, чтобы требовать или отвоевать эти земли обратно. В то же время многие русские люди бежали с оккупированных земель на Русь. Согласно мирному договору 1617 года перебежчиков надлежало возвращать шведам. На этом основании шведы требовали выдачи беглецов или компенсации за них деньгами или хлебом. Было решено беглецов не выдавать, расплатиться хлебом. Псковичи всегда были против того, чтобы возвращать русских людей или платить за них. Тем не менее, зерно скупалось и отправлялось в Швецию. А тут случился недород хлеба, цены на него поднялись, в некоторых местах уже явственно ощущался голод. 26 февраля 1650 года представители посадской общины пришли на двор воеводы Никифора Собакина с просьбой задержать выдачу хлеба шведам из стратегических запасов, хранившихся в Кремле. Не договорившись с воеводой, они обратились к посредничеству архиепископа Макария. 27 февраля владыка встретился с горожанами у Троицкого собора. Однако Никифор Собакин стал угрожать псковичам ссылкой и казнями. 28 февраля в Псков принимать очередную партию хлеба приехал шведский представитель Нумменс. В тот же день горожане подняли бунт, разграбили двор Федора Емельянова, где собирали весь хлеб перед отправкой за рубеж. Нумменс под стражей был отправлен в Снетогорский монастырь. Горожане взяли власть в городе и послали челобитчиков к царю. 12 июля мятежниками убиты псковские помещики: Фёдор Нащокин, Пётр Сумороцкий, Яков Неклюдов, Матвей Фомин и его сын Василий Матвеев, Кирилл Горышкин, Иуда Харламов, Варфоломей Сеславин, Еремей Чиркин и солдат Иван. В Пскове стали процветать воровство и душегубство. Современники отождествляли этот бунт с событиями смуты начала XVII века. Архиепископу Макарию тоже пришлось испытать немало неприятностей и выслушать оскорблений от псковичей. Восставшие подозревали Макария в том, что он якобы за спиной восставших что-то замыслил. Оправдание Макария в расчет не брали, от него требовали выдачи некоего боярского сына Турова, который якобы, заодно с «немцами». Макарий отвечал, что тот, Туров, давно от него сбежал. Тогда архиепископа схватили, стали водить по площади и посадили на цепь в богадельню. Правда, через час его выпустили, взяв с него обещание найти этого самого Турова. Каждый день в городе звенел набат. Мятежники отобрали порох и свинец у воеводы для защиты от московского войска, т.к. понимали, что рано или поздно, а конец их вольности придет. В заложники взяли сыновей воеводы Львова и объявили, что их казнят, если будут казнены челобитчики в Москве. Получив известие, что и в Новгороде вспыхнул бунт, восставшие стали смелее. Уездные города, особенно Гдов, поддерживали Псков. Между тем псковские челобитчики прибыли в Москву, их представили царю для расспросов. Челобитчики много всего привели в свое оправдание, однако Алексей Михайлович велел им отвезти в Псков грамоту с увещеванием: прекратить бунтовать, в противном случае в Псков будут направлены воеводы с воинской силой. В этой же грамоте царь поставил на вид и архиепископу Макарию. Князю Хованскому, усмирявшему Новгород, было велено идти на Псков. Хованский остановился на Снятной Горе, но бунтовавшие и не думали покоряться. Челобитчикам, вернувшимся из Москвы с царской грамотой, не поверили. «Нам на выручку поляки идут!» Некоторые предлагали писать в Литву, просить помощь. Зачинщики особенно были злы на архиепископа Макария, не раз ему угрожали смертью. Владыка, между тем, продолжал уговаривать восставших повиноваться царю, прекратить бунт, напоминал им клятвы их предков не запираться от своего государя и рук против него не поднимать. В качестве миротворцев из Москвы было прислано духовенство. Псковичи оспаривали обвинения в свой адрес, но потом  всё же признали свою вину. Вначале крест царю целовали «лучшие люди», потом сторонники мятежа. Зачинщик бунта Демидов и все заводилы были посажены под арест. Потом их отправили в Новгород, а оттуда в Москву. Но был еще один итог этого мятежа. В качестве компенсации за причинённые неприятности шведским купцам разрешили в Пскове на своем дворе построить кирху. Управление архиепископом Макарием Псковской епархией пришлось на годы царствования царя Алексея Михайловича и патриаршества Никона. Нетактичное проведение реформ Патриархом Никоном вызвало недовольство не только приверженцев прежних («старых») обрядов, но и вообще в среде православных Русского государства. Архиепископ Макарий участвовал в так называемом «суде» над Патриархом Никоном 1660 года, лишившем его патриаршего сана. Трагический раскол в Русской Церкви коснулся всех православных людей. Видя всю суету в мире, архиепископ Макарий в 1664 году удалился на покой в Гремячий монастырь близ Пскова, где принял схиму с именем Михаил, и скончался 20 июля 1665 года. 12 марта 1665 года Собором российских архиереев в сан архиепископа Псковского и Изборского был возведен игумен московского Воздвиженского монастыря у Арбатских  ворот Арсений. В Псков он прибыл 25 мая 1665 года. В самом начале своего управления Псковской епархией Арсений принимал участие в погребении своего предшественника Макария (Михаила). Архиепископ Арсений принимал участие в архиерейском Соборе, который проходил с 29 апреля 1666 года по 2 июля того же года. Вместе с другими иерархами он был командирован в Воскресенский Ново-Иерусалимский монастырь звать Патриарха Никона на Собор. Соборное деяние, принятое 2 июля 1666 года всеми архиереями, узаконило исправление книг и введение новых обрядов, но не осуждало и старых книг и обрядов. Однако в том же году в Россию прибыли приглашенные ранее патриархи Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский. Высокомерно утверждая, что русские без греков неспособны сохранить Православие, в 1667 году они настояли на безусловном принятии Русской Церковью новых обрядов и исправленных книг, на отказе от прежних, по их мнению, «еретических» обрядов и книг под угрозой отлучения за упорство и злую ересь. Они замахнулись на целый период русской истории, чего никогда не делал и к осуждению чего не призывал Патриарх Никон. Соборное деяние от 2 июля 1666 года оказалось перечеркнутым. Отсюда начало раскола в Русской Церкви. По замечанию известного богослова, историка церкви А.В . Карташева  диктат греков - «иллюстрация того теряющего меру национализма, который рождает в истории церкви плоды ненависти. За это греков ненавидят болгары, румыны, арабы...». [8, т. 2, с. 180] Слепое доверие к авторитету восточных патриархов собрало подписи русских иерархов под определением 1667 года. Традиция считать старообрядцев еретиками будет прервана только в конце XVIIIвека Московским митрополитом Платоном, а затем в XI X веке его поддержит Московский митрополит Филарет. В 1666 году архиепископ Арсений установил размер оброка с церковных крестьян, который потом взимали и его преемники. В 1668 году в Пскове проведена перепись дворов и душ, каждый двор был обложен сбором в размере 1 рубля. Духовенство от этого сбора освобождалось. В 1680 году в Крыпецком монастыре скончался инок Антоний, в миру боярин Афанасий Лаврентьевич Ордин Нащокин - талантливый дипломат, администратор, специалист по военному делу, ближайший сотрудник Царя Алексея Михайловича, организатор почты на Руси. Он родился в семье небогатого помещика в Пскове в 1605 году, детство его прошло в Опочке. С 1622 года нёс военную службу на псковской земле, затем женился на дочери псковского дворянина Василия Колобова и жил в Пскове. В 1642 году Афанасий Лаврентьевич ездил на границу со Швецией для осмотра и исправления её, а также для принятия, в соответствии с Столбовским  договором, от Швеции псковских земель, ранее оккупированных ею. После начала в 1654 году войны с Польшей А.Л. Ордину-Нащокину было поручено с малыми силами охранять границу со стороны Литвы и Ливонии, он отлично справился с этим поручением. В 1658 году активно участвовал в заключении перемирия со Швецией. В 1665-1667 годы Ордин-Нащокин служил воеводой в Пскове, провел ряд реформ городского управления, ввёл элементы выборности. «Крепкое устроение градцкое во Пскове необходимо для того, чтобы и внутренние обиды минули», - считал он. Афанасий Лаврентьевич Ордин Нащокин участвовал в переговорах с Речью Посполитой, при его активном участии в 1667 году был заключен Андрусовский мир, после чего Ордин-Нащокин пожалован званием ближнего боярина и дворецкого и был поставлен во главе Посольского приказа, затем Смоленского разряда, Малороссийского приказа, чети Новгородской, Галицкой и Владимирской. Он был сторонником союза с Речью Посполитой  для борьбы со Швецией за выход к Балтийскому морю и для отражения турецкой агрессии. Организовал металлообрабатывающую, кожевенную, бумажную, стеклодувную мануфактуры, верфи на Западной Двине и Оке. Им разработан Новоторговый устав 1667 года. С именем Ордина-Нащокина связана организация в 1666 году почтовой  связи с Польшей и Курляндией, почтовый тракт прошел через Псков. В 1669 году вместо ямской гоньбы он наладил почтовую связь Москвы с Киевом, Архангельском, Сибирью. По почте русское правительство получало более 40 газет на немецком, голландском, французском, польском,шведском, итальянском языке, на основании этих газет составлялись «Куранты» - первая русская рукописная газета. Он старался установить торговые связи с Персией, Средней Азией, Хивой, Бухарой, отправлял посольство в Индию, мечтал о казацкой колонизации Приамурья. Впоследствии историки назовут его предтечей Петра Великого,по словам В.О. Ключевского «Это был один из немногих западников, подумавших о том, что можно и что не нужно заимствовать, искавших соглашения общеевропейской культуры с национальной самобытностью». В феврале 1672 года игумен Крыпецкого монастыря Тарасий постриг Афанасия Ордина-Нащокина в монахи с именем Антоний. Последней мирской заботой Ордина-Нащокина перед постригом было устройство богадельни в Пскове.

6 сентября 1682 года архиепископ Арсений, как и его предшественник, удалился на покой. Он выбрал для себя Петропавловский Сереткин монастырь, здесь в 1683 году принял схиму, а 1 мая 1683 года скончался и погребен в этом же монастыре в правой части алтаря. На похороны Арсения пришло много народа, его преемник, митрополит Маркел, сделал на гробнице его надпись: «Аминь, аминь глаголю вам, яко грядет час и ныне есть, егда мертви услышат глас Сына Божия и услышавшее оживут». Псковичам архиепископ Арсений очень пришелся по сердцу, они долго горевали о его смерти, над его гробом часто совершались панихиды. Ныне в бывшей монастырской церкви Святых Апостолов Петра и Павла возрождена церковная жизнь, вновь во время богослужений поминается архиепископ Арсений. Еще при жизни архиепископа Арсения, на Соборе 1667 года было решено открыть в России 19 новых епархий. Собор 1682 года постановил, что в Пскове отныне должна быть митрополичья кафедра, и первым митрополитом Псковским и Изборским стал Маркел, назначенный в Псков 6 сентября 1682 года. Митрополит Маркел был иностранцем. Есть разные сведения о его происхождении, по одним он происходил - из задунайских славян, по другим - из греков. Приехал ли в Россию он сам или его родители - неизвестно, как неизвестны его мирское имя и фамилия. Начинал он службу переводчиком греческого, латинского, немецкого, польского и татарского языков в Посольском приказе. Эта должность требовала высокой квалификации. В обязанности переводчика входила работа с документами, он должен был не только переводить иностранные тексты на русский язык, но и грамотно, без смысловых ошибок переводить письма русского царя, предназначавшиеся другим монархам, на иностранные языки. Переводчиками в Посольском приказе в основном служили иностранцы. Независимо от происхождения, по своему статусу они приравнивались к московским дворянам.

Дата пострижения Маркела в монашество неизвестна, считается, что это произошло при Патриархе Иоакиме в 1674 году. Был учтен его опыт государственной деятельности, он сразу был рукоположен во иеромонаха, несколько лет был судьёй при Патриаршем дворе и членом Тиунской палаты, т.е. разбирал гражданские споры между патриаршими служителями и патриаршими крестьянами. В 1679-1680 годах был вначале строителем брянского Свенского Успенского монастыря, а потом его первым архимандритом. С 21 марта 1680 года по 6 сентября 1682 года - архиепископ Суздальский и Юрьевский. 25 июня 1682 года он присутствовал в Москве при венчании на царство государей Иоанна Алексеевича и Петра Алексеевича. Вероятно, поначалу карьере митрополита Маркела способствовал царь Федор Алексеевич, знавший иностранные языки и покровительствовавший образованному духовенству. О состоянии Псковской епархии Маркел доносил царю: «в Пскове и в пригородах с уездами 160 церквей, и над теми церквами архиереи, а воли не имеют, владеют мужики, а церкви все вотчинные, и теми вотчинами владеют и себя полнят и корыстуются сами, а архиерею не послушны; в чем указ пошлешь, не слушают и бесчестят, и на счет нейдут, многая церковная казна за ними пропадает от давных лет; наипаче нужда великая на книги и священникам нужд церковных исправлять не почему; все книги по церквам старинные, рукописные, и те от древности обветшали и развалились, а новоисправленных книг искупить не хотят». Государи Иоанн и Петр Алексеевичи и сестра их Софья Алексеевна с боярами приговорили: «в Пскове и в пригородах Псковских и уездах митрополита Маркела епархии, все приходские церкви списать, и в них всякое строение и украшение, ризы и книги, и утварь; у той описи быть из дворян, из пскович, по усмотрению боярина их князя Михаила Григорьевича, да из твоих, богомольца нашего, домовых, кому ты у дела того велишь быть, о чем послана грамота воеводе Михаилу Григорьевичу и к дьяку» [18, с. 46]. Однако вмешательство псковичей в интересы церквей и духовенства продолжались и далее. В Пскове первой заботой Маркела стало восстановление Троицкого собора, пострадавшего от пожара в 1669 году. Собор был отремонтирован, но стало ясно, что нужно строить новый храм. При митрополите Маркеле и началось строительство ныне существующего Троицкого собора. Строительство шло на казенные, соборные деньги и личные средства самого митрополита. В 1689 году собор уже подвели под своды, но не успели их завершить, как обрушилась вся верхняя часть. Митрополит Маркел не увидел Троицкий собор завершенным, строительство продолжалось при его преемниках.

На Псковской кафедре митрополит Маркел использовал и свой опыт дипломата, знание иностранных языков. В ходе переговоров со шведами и магистратом города Ревеля (Таллинн) ему удалось добиться разрешения на восстановление в Ревеле старинной православной Никольской церкви, которую он сам и освятил 1 мая 1686 года. Эта поездка русского православного архиерея в протестантское государство была единственной в XVII веке. После смерти Патриарха Иоакима в июле 1690 года на Соборе встал вопрос о кандидатуре будущего Патриарха. По свидетельству Патрика Гордона кандидатуру на патриарший престол митрополита Маркела, как человека образованного, ученого выдвинул и настойчиво поддерживал молодой царь Петр, его поддерживали многие архиереи. Но царица-мать Наталья Кирилловна и консервативные члены Собора вы двинули кандидатуру митрополита Казанского Адриана. Им как раз ученость митрополита Маркела не нравилась. Один из архимандритов подал царице Наталье сочинение, в котором владыка Маркел обвинялся в ереси. Враги Маркела пересилили, и Патриархом стал Адриан. Митрополит Маркел присутствовал на избрании и возведении в сан Патриарха Адриана. Возможно, если бы Патриархом был избран Маркел,упразднение патриаршества не произошло. Указом Патриарха Адриана от 8 сентября 1691 года митрополит Маркел был назначен митрополитом Казанским и Свияжским. В церковной иерархии он стал третьим лицом после Патриарха и митрополита Новгородского. Скончался митрополит Маркел в Казани 21 августа 1698 года, был похоронен под алтарем кафедрального Благовещенского собора. Могила его не сохранилась.