В 20-х годах ХХ столетия монастырь был упразднен новой властью и все монастырское имущество, включая церковные святыни, были изъяты. Мирожская икона Божией Матери, чаша архиепископа Нифонта были помещены в Псковский музей-заповедник.

В 1994 году Высокопреосвященнейший Евсевий Архиепископ Псковский и Великолуцкий совместно с областной администрации приняли соглашение по вопросу передачи храма Первомученика Стефана, братского корпуса и дома Настоятеля Псковской Епархии.

Это событие стало началом возрождения монашеской жизни в древнейшей обители. Много трудов было положено на восстановление монастыря. Важно было не только начать богослужение в переданном монастырю храме, но и наладить монастырский быт, а также возродить традиционно существующую в монастыре иконописную мастерскую. Через три года, в день памяти первомученика архидиакона Стефана, 15 августа 1997 года Его Высокопреосвященство Владыка Евсевий освятил вновь созданную иконописную школу и благословил на труды иконописцев из числа монашеской братии.

В настоящее время богослужения проводятся по воскресным дням и двунадесятым праздникам. По воскресеньям в 17 ч служится молебен с акафистом перед иконой Мирожской Божией Матери. Утреннее и вечернее правила настоятель с братией совершают также в храме первомученика Стефана. Насельники монастыря, трудящиеся во славу Божию (трудники), работают в столярной мастерской, в котельной, обучаются и помогают иконописцам в подготовке досок и левкаса и других работах, изготавливают сувениры с тематикой Мирожского монастыря, трудятся в монастырской библиотеке, выполняют ремонт помещений и другие послушания.