Псков, как и вся Россия, был охвачен смутой. Когда 1 сентября 1608 года в город пришла весть, что близко от города шведы, псковичи впустили в город приверженцев Лжедмитрия под предводительством боярина Плещеева, которого признали воеводой Пскова, и целовали крест самозванцу. «Лучшие» люди и духовенство были на стороне царя Шуйского, желали отдать город под власть московского царя. Московское войско вошло в город, но стрельцы, казаки, «меньшие» люди отбились, они нещадно расправились с «большими» людьми. Не желая присягать ни польскому, ни шведскому королевичам, псковичи предпочитали православного, как они считали, самозванца еретикам. В то время в Пскове «меньшие» люди во всем обвиняли «больших», а те, в свою очередь, «меньших» людей. В городе царствовали доносы, тюрьмы были полны, не редким были и кровопролития. Лжедмитрий хвалил псковичей за то, что они первые стали искать его милосердия, на них глядя, и другие города стали присягать ему. В грамоте он упоминал некоего Иосифа, архиепископа Псковского и Изборского, видимо, назначенного им на епископскую кафедру в Псков. В 1610 году сторонники Лжедмитрия были разбиты. В 1611 году литовцы и немцы хозяйничали под Печерами, Изборском, Островом, Опочкой, на Ворониче, в Красном Городце. Новгородцы со шведами выжгли Запсковье. Шведы, поляки, литовцы попеременно осаждали Псково-Печерский монастырь.

Овладев им, они с успехом могли завоёвывать окрестные земли. В осаде монастыря шведам помогали новгородцы в наказание псковичам за отказ объединенными силами выступить против самозванца. Литовский воевода Лисовский захватил Печерский острог, торговые лавки у монастырских стен, но монастырь взять не смог. Военачальник Ходкевич стоял у стен крепости пять недель и два дня, сделал семь приступов, артиллерийским огнём разрушил ограду и башню. В воскресенье, 10 марта, после вечернего звона, когда вся братия находилась на всенощном богослужении, стража не успела опустить железные решетки, шведы вошли в монастырь. Уже наступила ночь, неприятель совершенно не знал территории монастыря, не знал, куда двигаться дальше, боялся зажечь огонь. Враги, не трогаясь с места, стояли пять часов, вся братия молилась в церкви, готовясь к неминуемой гибели. По утренней заре шведы решили спуститься к монастырскому ручью. Архимандрит Иоаким со всею братией и всеми находившимися в монастыре взмолились к Милосердной Богородице, взяли чудотворную икону Божией Матери «Одигитрия», вышли против неприятеля. Враги смутились и бежали из монастыря точно гонимые неведомой силой. Иные из них не знали, куда бежать, были пойманы в монастыре. По словам летописца, «... тако преславно сохранила Богородица обитель свою, и вси собравшиеся паки, иже разбегошася, приидоша в обитель и благодарные песни всылаху к Богородице, яко удиви милость свою в дому паче древних чудес». Но это еще не был конец испытаниям. 17 марта со многими литовскими и немецкими отрядами, пушками к монастырю вновь пришел Ходкевич. Все люди, бывшие в монастыре, решили умереть за Дом Пресвятой Богородицы, но врагу его не сдавать. Поначалу действия неприятеля принесли ему успех: в двух местах была разбита монастырская стена, сильный огонь не давал монастырским людям со стен отразить вражеские действия, враг начал делать подкоп под Никольскими воротами. Но присланный на помощь из Пскова отряд утром внезапно напал на осаждающих, разбил их, захватил орудия и знамёна. С позором враг ушел от монастырских стен. Русские священники проявили в эту тяжелую пору замечательную патриотическую деятельность. В 1612 году самозванец Сидорка взял Псков и заставил всех присягать ему.

Псковскому самозванцу присягнули калужский и подмосковный станы Лжедмитрия П. Между тем, росло и ширилось нижегородское ополчение Минина и Пожарского. Сидорка бежал из Пскова. Его окружение выдало его, Сидорка был схвачен, отправлен в Москву и казнен. В июле шведы вновь приходили к Печерскому монастырю, ночью ворвались в него, но были выгнаны из его стен, 31 августа 1612 года они подошли к Пскову, но взять его не смогли, стали грабить псковские земли. В июне или июле 1613 года епископом Псковским и Изборским назначен Сильвестр,  до этого десять лет бывший первым Корельским епископом. До назначения на епископскую кафедру он был архимандритом Московского Симонова монастыря. В 1609-1611 годах он совместно с корельскими воеводами организовал оборону города Корела (Приозёрск) и уезда. В мае 1613 года присутствовал на соборе, избравшем на царство Михаила Федоровича Романова. Приехал епископ Сильвестр в Псков 28 октября 1613 года. Смутное время шло к концу, однако шведы и поляки продолжали нападать на псковские земли, ими был занят Гдов. 28 июня 1615 года шведы от Гдова подошли к Пскову, но были побиты псковичами. 30 июля у стен Пскова, на Снятной горе, со своим войском объявился шведский король Густав-Адольф. Началась осада Пскова. В этот же день в одной из битв был убит шведский военачальник. 15 августа неприятель начал делать подкоп у Варлаамовских ворот, строил укрепления, похвалялся, что возьмет город через три дня. Но осажденные псковичи стояли крепко. 14 и 16 сентября возле церкви Варлаама Хутынского произошли наиболее тяжелые, кровопролитные сражения со шведами. 9 октября шведы пошли на приступ, но опять не смогли завладеть Псковом. 17 октября они ушли от Пскова в Эстляндию. Уходя, враги сожгли Ильинский мужской монастырь в Пскове. Погибших защитников города с честью похоронили у стен собора Святой Троицы. Прогнав шведов, псковичи благодарили Бога и Пресвятую Богородицу. Многие защитники города рассказывали, что видели князей Гавриила и Довмонта, дозором объезжавших Псков.

1 декабря 1615 года Псковский епископ Сильвестр, находившийся по болезни на покое, скончался. Он погребен в подклете Троицкого собора. Последние месяцы его земной жизни были очень тревожными, однако Провидением ему было уготовано увидеть изгнание с позором неприятеля, с которым ему довелось иметь дело еще в Кореле. «Чудны судьбы Божий! - писал архиепископ Филарет (Гумилевский), - патриаршество явилось в Церкви Русской в такое именно время, когда власть Патриарха всего более могла быть полезна для Церкви и Отечества. Разумеем страшное время самозванцев, когда в волнах безначалия и чужеземной власти совсем готова была погибнуть Россия, и когда личность Патриарха, пользовавшегося самым высоким уважением в России, почти одна направляла действия  народа ко спасению России». Добавим, что в псковской истории не менее важную роль в эти годы сыграли епископы.