В начале XVIII века на Псковщине часто бывал император Петр I. Прошли годы, и Псковская земля вновь встречала русского самодержца - Екатерину II. Известны имена священников, которые приветствовали высокую гостью: в Гдове священник Кяровской церкви Петр, в Острове протопоп Сергий (Сергий Антипович Владимирский); вОпочке должен был приветствовать Изборский протопоп Кузьма, но неизвестно по какой причине вместо него приветственное слово говорил псковский священник Козьма Заборовский; в погосте Бежаницы - священник погоста Коровск Островского уезда Иван Савицкий. Императрице очень понравилось приветственное слово о. Сергия в Острове, она наградила значительной по тому времени суммой - 500 рублей. В Пскове Екатерина II находилась 15 и 16 мая 1780 года. Здесь её встречал архиепископ Псковский и Рижский Иннокентий, все псковское духовенство. Императрица пожаловала 500 рублей - на содержание духовной семинарии, 636 рублей - для богаделен, и по 150 рублей Мирожскому, Снетогорскому, Вознесенскому и Иоанновскому монастырям. На строительство в Гдове каменной соборной церкви на три года императрицей выделено 7000 рублей. В Острове также выдано 6000 рублей на три года на строительство Троицкого собора в городе. В Велье императрица присутствовала на службе в церкви Воздвижения Креста Господня, осмотрела древнее городище. В Великих Луках Екатерина находилась 6-7 июня, пожаловала 200 рублей Троицкому монастырю и сверх того 1000 рублей на возведение каменной ограды вокруг него, девичьему монастырю на ограду пожертвовано 1500 рублей и 1000 рублей на иконостас для соборной церкви. В Порхове пожаловано 7000 рублей на три года для строительства соборного храма в городе. В Порховском Троицком соборе, построенном позднее на деньги, выделенные императрицей, до 1922 года хранилось серебряное позолоченное блюдо с чеканными краями и гербом Псковской губернии, поднесенное ей в Пскове. Ныне оно находится в Псковском музее-заповеднике. В ноябре 1784 года и в январе 1787 года маршрут путешествия Екатерины вновь проходил по Псковской губернии.

В 1787 году к Псковской епархии приписан древний русский город Торопец с уездом, до этого бывший в составе Смоленской епархии. Именным указом императрицы от 10 января 1795 года Двинская, Полоцкая и Витебская провинции, состоявшие в Полоцкой губернии, были исключены из ведомства Псковской епархии и присоединены к Могилёвской епархии. В указе Святейшего Синода от 13 апреля 1796 года сообщалось, что императрица Екатерина II пожаловала архиепископу Иннокентию бриллиантовый крест на красной ленте для ношения на черном клобуке. Это Высочайшее благоволение особо порадовало и архиепископа, и его паству. Иннокентию уже было 74 года, и 33 года он управлял Псковской епархией. В том же, 1796 году, императрица Екатерина II скончалась. На трон взошел её сын император Павел I. Одним из первых его повелений было награждение духовенства орденами. Указ Синода от 11 декабря 1796 года извещал архиепископа Псковского и Рижского Иннокентия о награждении его орденом Святого Александра Невского и повелении отныне именоваться кавалером. В 1797 году члены Синода выехали в Москву для коронования нового императора. Архиепископ Иннокентий в коронации участия не принимал, «за старостию» он был оставлен в конторе Святейшего Синода в Санкт-Петербурге. 

Император Павел I не был строг по отношению к неправославным исповеданиям. В октябре 1798 года он предоставил убежище монахам-картезианцам (траппистам), в ноябре того же года утвердил новый «Регламент для церквей и монастырей римско-атолического исповедания в Российской Империи». Всё это не могло не огорчать русское духовенство. Преосвященный Иннокентий был уже в преклонных годах, во главе Псковской епархии он находился уже 35 лет. В 1798 году он обратился с прошением об увольнении его на покой по старости и болезни из Синода и от управления епархией. Указ об его увольнении император Павел подписал 9 октября 1798 года. В знак своего благоволения он повелел выплачивать находящемуся на покое Иннокентию то денежное содержание, которое тот получал, будучи членом Синода и во главе епархии. Местом  жительства на покое архиепископ Иннокентий выбрал Санкт-Петербургскую Александро-Невскую лавру. На покое архиепископ Иннокентий пробыл недолго, 24 января 1799 года он скончался на архиерейском подворье лавры. Имущество свое он завещал своему родственнику, надворному советнику Петру Нечаеву и другим лицам. Полученные в награду от Екатерины II бриллиантовый крест и панагия были переданы в ризницу собора лавры. Погребен архиепископ Псковский и Рижский Иннокентий в Благовещенской церкви лавры. Он сохранился в памяти псковичей как пастырь мудрый и попечительный о своей епархии. Архиепископом Псковским и Рижским 17 октября 1798 года назначен Ириней (Иван Андреевич Клементьевский). Он родился в селе Клементьево Ковровского уезда Владимирской губернии в феврале 1753 года (по другим сведениям - в 1751 году) в семье причетника. Учился во Владимирской духовной семинарии, затем окончил курс Московской славяно-греко-российской академии и преподавал в ней. В академии в 1774 году пострижен в монашество с именем Ириней. 12 октября 1776 года назначен игуменом Николаевского Перервинского монастыря под Москвой, и одновременно префектом Перервинской семинарии. В сентябре 1782 года Ириней переведен игуменом Крестовоздвиженского монастыря в Москве, в 1783 году - игуменом Московского Знаменского в Зарядье монастыря, в ноябре 1784 года - архимандритом Борисоглебского монастыря в городе Ростов Ярославской епархии и одновременно ректором Ярославской духовной семинарии. С 10 мая 1788 года игумен Ириней становится членом Святейшего Синода. 30 июня 1788 года следует его перевод архимандритом в Юрьев монастырь под Новгородом. 6 июня 1792 года Ириней возведен в сан епископа Тверского и Кашинского, в 1796 году - в сан архиепископа, награжден орденом Святого Александра Невского. 16 октября 1799 года император Павел I утвердил доклад Синода «О риведении епархиальных границ сообразно границам губерний и об учреждении новых епархий». О Псковской епархии в докладе было сказано, что ей надлежит «остаться на прежнем основании», к ней причислены губернии Лифляндская и Курляндская. Наименование Псковского архиерея с этого дня вместо Псковский и Рижский стало Псковский, Лифляндский и Курляндский. Поскольку и город Великие Луки и уезд уже не первый год находились в ведении Псковской епархии, из титула архиерея Новгородского изъято наименование Великолукский, он стал называться Новгородский и Олонецкий.

Один из последних указов Павла I от 19 января 1801 года гласил: «Находящемуся во Пскове лютеранскому пастору повелеваем производить жалование и квартирные деньги на таком же основании, как получают оные белорусские того ж исповедания пасторы». Указом императора Александра I от 25 июня 1803 года вновь предписано, чтобы границы всех епархий совпадали с границами губерний. Однако было сделано исключение для Лифляндской и Курляндской губерний - они оставлены в составе Псковской епархии.

В декабре 1804 года архиепископ Ириней обратился в Синод с докладом о том, что в 1788 году во время сильного пожара сгорел архиерейский дом. Оставшиеся два каменных флигеля и один деревянный не подходили для размещения архиерейского дома из-за сырости и очень малых размеров. Он предложил разместить архиерейский дом в расположенном в 5 верстах от Пскова Снетогорском монастыре, штат монастыря перенести на третьеклассный Елеазаровский монастырь, а штат Елеазаровского на Крыпецкий монастырь. На ремонт и переустройство Снетогорского монастыря требовалось 15 185 рублей 68 копеек. Указом Синода от 30 декабря 1804 года стоящий в 5 верстах от города Пскова третьеклассный Снетогорский монастырь велено «обратить в архиерейский дом», штат монастыря во главе с архимандритом перевести в Елеазаровский монастырь, штат Елеазаровского - в Крыпецкий монастырь. В бывшем Снетогорском монастыре для проживания архиерея необходимо было построить новый каменный дом с необходимыми службами для размещения певчих, кучеров, устройства конюшен. В 1805 году отпущено 7000 рублей на необходимые работы по устройству архиерейского дома. Были объявлены торги на поставку строительных материалов. Псковская духовная консистория 18 апреля 1805 года разрешила необходимые строительные материалы закупить на рынке и в лавках. В 1805 году прошли успешные торги на поставку кирпича, извести, песка. На 1806 год предусматривалось выделить 8 185 рублей 68 копеек.

Строительство на Снятной Горе велось по проекту губернского архитектора Кузьмы Федоровича Жданова, подрядчиком вначале был Подшивалов, затем Рудометов и Пожарский. Проект Жданова поначалу предусматривал строительство каменного дома длиной в 9 саженей, но архиепископ Ириней, осмотрев бывший Снетогорский монастырь, высказал пожелание, чтобы дом имел в длину 12 саженей. Строительство дома велось в 1805-1806 годах. В 1805 году началось восстановление колокольни Троицкого собора в Пскове. Троицкий собор и колокольня дважды горел и в XVIII веке: в 1771 и 1788 годах. Собор восстанавливался после каждого пожара, но колокольня была только покрыта деревянной крышей, «а как местоположение собора и величественность строения его суть таковы, что он по справедливости в числе знатнейших в России зданий церковных почитается, то, желая и колокольню ту в соответственную собору привести красоту», губернский архитектор по поручению Иринея составил план и смету на восстановление колокольни. На ее восстановление понадобилось 8749 рублей 62 копейки. При этом, как доносил архиепископ Ириней, на восстановление колокольни жителями Пскова уже было собрано 3000 рублей. Недостающие деньги выделены Синодом. В Пскове 28 сентября 1809 года в Пскове торжественно открыто Псковское духовное училище. К нему были приписаны Псковский, Новоржевский, Островский, Опочецкий уезды Псковской губернии и город Рига с уездом. Чуть ранее, 25 сентября, открыто уездное духовное училище в Великих Луках. В тот же год открыты шесть приходских  училищ.

На рассвете 12 июня 1812 года армия Наполеона перешла через Неман и вторглась в пределы России. Император Александр I Павлович с первых дней призвал к всенародному отпору: «Да найдет он на каждом шаге верных сынов России, поражающих его всеми средствами и силами, не внимая никаким его лукавствам и обманам. Да встретит он в каждом дворянине Пожарского, в каждом духовном Палицына, в каждом гражданине Минина! Благородное дворянское сословие! Ты во все времена было спасителем Отечества. Святейший Синод и духовенство! Вы всегда теплыми молитвами своими призывали Благодать на главу России. Народ русский! Храброе потомство храбрых славян! Ты неоднократно сокрушал зубы устремлявшихся на тебя львов и тигров. Соединитесь все - со Крестом в сердце и с оружием в руках никакие силы человеческие вас не одолеют» [Ф. 20. Oп. 1. Д. 334. Л. 251]. Неприятель захватил Полоцк, на его пути стоял Псков. В Витебской губернии, прикрывая южную границу Псковской губернии, стояли русские воины во главе с Петром  Христиановичем  Витгенштейном. 7 октября 1812 года псковичи с образом Иисуса Христа из Елеазаровского монастыря, образом Богородицы из Печерского монастыря, иконою Святого Благоверного Великого князя Гавриила совершили крестное хождение вокруг города. Впереди на серебряном блюде несли крестообразно положенные мечи великих князей Гавриила и Довмонта. Если бы в это время кто-нибудь вошел в Псков, наверное, решил бы, что город оставлен неприятелю. В домах оставались только тяжелораненые. Все следовали за иконами и со слезами на глазах молили Всевышнего за Отца и Отечество: губернатор князь Петр Иванович Шаховской, дворяне, ремесленники, духовенство, стар и мал, деды и внуки, все, кто мог. Когда на другой день гражданский губернатор П.И. Шаховской написал об этом П.Х. Витгенштейну, то получил ответ, что в тот самый день, 7 октября, его войско разбило неприятеля под Полоцком, штурмом овладело городом, перешло Двину, взяло в плен большое число французских солдат и офицеров, и продолжает наступление. Опасность вторжения неприятеля в Псковскую губернию миновала, она оказалась в тылу наших войск. Псковичи всеми силами помогали армии Витгенштейна, которого почитали своим спасителем. Не остались в стороне и церкви епархии. В 1812 году игумен Святогорского монастыря Петр (Лавров) с братией через Псковскую духовную консисторию сдал в пользу ополчения золотыми, серебряными вещами и деньгами 250 рублей. Кроме сбора денежных и материальных ценностей, монастыри дали приют беженцам. Так, настоятель Никандрова монастыря в Порховском уезде архимандрит Аркадий в своем отношении на имя обер-прокурора Синода князя А.Н . Голицына 17 ноября 1812 года сообщал о желании «принять 100 человек в призрение и содержание лишенных пристанища от нашествия врага». И свое слово монастырь сдержал. Еще монастырь пожертвовал в помощь неимущим до 50 голов рогатого скота. В знак признательности за бескорыстный поступок император Александр I «пожаловать изволил архимандриту Аркадию наперсный крест, украшенный драгоценными камнями». За заслуги перед Отечеством именным указом императора Александра I от 15 января 1813 года Псково-Печерский монастырь возведен в первый класс. В знак признания заслуг Псковской епархии 1 февраля 1813 года император Александр I разрешил освободить псковичей «от всех дел» 11 (24) февраля и 27 ноября (10 декабря), в дни памяти Святого благоверного князя Всеволода-Гавриила. Находясь в заграничном походе с действующей армией, император 29 апреля (12 мая) «утвердил по желанию жителей города Пскова» ежегодный крестный ход 6 и 7 октября с иконами Печерского, Елеазаровского монастырей и Псковскими святынями. Крестные ходы были ежегодными вплоть до трагических потрясений 1917 года. 24 сентября 1813 года Александр I дал похвальную грамоту псковскому купечеству, мещанству, духовному и другим сословиям за щедрые пожертвования на нужды войск. Настоятель Печерского монастыря архимандрит Венедикт обратился к губернатору князю П.И. Шаховскому с просьбой разрешить сооружение в монастыре церкви во имя Софии Премудрости Божией, а в ней особого обелиска в память заслуг, оказанных Отечеству Витгенштейном. Средства на сооружение храма предполагалось получить за счет продажи некоторых драгоценных вещей, бывших в монастыре без употребления. Архиепископ Ириней как член Синода в это время находился в Петербурге. Губернатор, поддерживая идею архимандрита Венедикта, просил архиерея благословить такое благое дело. Ириней, которому эта мысль тоже пришлась по душе, просил императора разрешить строительство новой церкви. Император сделал такую надпись на прошении: «Согласен, препоруча хорошему архитектору сделать рисунки и наблюдать за сею работаю ». Пока шла переписка, псковское купечество и горожане уже начали сбор средств на сооружение этого храма. На строительство церкви пожертвовал деньги и губернатор П.И. Шаховской, и дворяне и духовные лица. Откликнулся и Витгенштейн, лютеранин по вере. Он обратился с воззванием к своим воинам с просьбой жертвовать, кто сколько может, на строительство церкви, посвященной их общей победе, и украшение чудотворной иконы Успение Божией Матери. Все воины живо откликнулись на призыв славного полководца. Вскоре оказалось, что собранных денег достаточно и на украшение иконы, и на строительство церкви. Все имена жертвователей переданы в Печерский монастырь для вечного поминовения. При этом Витгенштейн отказался от сооружения памятного обелиска в его честь: «Нужным почитаю повторить Вашему сиятельству изъявление прежнего и решительного желания моего, чтобы внутри предполагаемого храма кроме двух мраморных досок с сохранением имен павших на поле брани сынов Отечества не было никаких изображений в честь подвигов войск Первого корпуса, а еще менее, ни под каким видом, чего-либо, относящегося до слабых заслуг, кои несправедливо мне приписывать могут» [Ф. 20. Oп. 1. Д. 427. Л. 9]. Храм по повелению императора Николая I был освящен архиепископом Мефодием 29 июня (12 июля) 1827 года, в день ангела П.Х. Витгенштейна, в честь Небесного Архистратига Михаила. Силы и здоровье владыки Иринея были подорваны. Он обратился с прошением уволить его на покой по болезни. Его прошение было удовлетворено 30 августа 1814 года. В знак признания заслуг архиепископа Псковского, Лифляндского и Курляндского Иринея, ему пожизненно был оставлен полный архиепископский оклад. Местом жительства Ириней выбрал Александро-Невскую лавру. Здесь 24 апреля 1818 года он скончался. Похоронили его в Златоустовской церкви лавры. 

Архиепископ Ириней остался в истории как один из просвещеннейших пастырей своего времени. Он был замечательным проповедником, толкователем священных текстов, филологом. Из его догматических сочинений был широко распространен трактат «О смерти, судьбе, о муках и вечном блаженстве», толкования на послания апостола Павла римлянам, евреям, на книгу пророка Даниила, на 12 малых пророков и Псалтирь. Ириней состоял членом Российской академии, принимал самое деятельное участие в составлении академического словаря, им переведены с греческого языка многие святоотеческие творения. 30 августа 1814 года, в тот же день, когда было удовлетворено прошение об отставке архиепископа Иринея, архиепископом Псковским, Лифляндским и Курляндским был назначен Мефодий (Смирнов). Позднее, его стали называть Мефодий I, поскольку спустя некоторое время в епархию был назначен другой Мефодий - Пишнячевский. Мефодий Смирнов родился во Владимирской губернии в 1759 году, учился в семинарии Троице-Сергиевой лавры, затем в Московской славяно-греко-российской академии. После окончания академии преподавал в семинарии Троице-Сергиевой лавры, где был пострижен в монашество. В 1783-1790 годах он являлся префектом семинарии, в чине иеромонаха был ректором семинарии, одновременно преподавателем. В 1790 году Мефодий назначен ректором Московской славяно-греко-российской академии, в 1792 году посвящен в сан архимандрита и переведен в Московский Ставропигиальный Заиконоспасский монастырь, в 1794 году переведен архимандритом в Московский Новоспасский монастырь. Одновременно с назначением в Новоспасский монастырь Мефодий вызван в Санкт-Петербург для совершения богослужений и проповеди Слова Божия, 22 февраля указом императора Павла I назначен членом Синода. Прослужив в монастыре чуть больше года, он обратил на себя внимание как ученый богослов, талантливый проповедник, способный администратор. В1795 году Мефодий назначен епископом Воронежским и Черкасским. В 1799 году следует назначение епископом Тульским и Белёвским. Во время коронации Александра I епископ Мефодий участвовал в священном миропомазании императора. В том же году он награжден орденом Святой Анны I степени. С 1803 года Мефодий - епископ Тверской и Кашинский. 1 мая 1804 года он возведен в сан архиепископа, в 1806 году указом императора Александра Iнагражден орденом Святого Александра Невского. Постепенно залечивались раны, нанесенные войной. В Порхове 9 сентября 1814 года состоялось открытие духовного приходского училища. Продолжалось обустройство архиерейского дома в бывшем Снетогорском монастыре. Архимандрит Елеазарова монастыря и ректор Псковской духовной семинарии Афанасий в своём рапорте архиепископу Мефодию сообщал, что «вновь устроенная при Снетогорском архиерейском доме церковь во имя Рождества Христа Спасителя» им освящена 8 декабря 1814 года. Пребывание Мефодия на Псковской кафедре оказалось кратковременным: 2 февраля 1815 года архиепископ Псковский, Лифляндский и Курляндский Мефодий скончался. Погребен в подцерковье Троицкого собора. Несомненно, за столь короткий срок псковичи не смогли увидеть во всей полноте его как архипастыря, но не могли не заметить, его глубокого, разностороннего, обширного образования. Владыка был выше всех в епархии и разумом и характером. Ему были присущи такие черты, как трудолюбие, хозяйственность, организаторские способности, любовь к учению, твердая власть и прекрасное возвышенное проповедническое слово в храме. Он был всем доступен и открыт, строг в отношении пороков. Соединение сильного ума с твердой волей, прямоты и законопослушания с рассудительностью и нисхождением, хозяйственности и простоты в быту с заботливостью обо всём и обо всех, принятие любых прошений и нелюбовь к «мотовству души», как он называл угодливость, постоянное занятие делом, таковы черты его характера. После кончины архиепископа Мефодия вскрыли его завещание. Свои деньги (10 тыс. рублей), хранившиеся в московском Опекунском совете он завещал раздать бедным, просящим подаяние Христа ради; всю библиотеку - семинарии Троице-Сергиевой лавры. Всё остальное имущество им завещано родному брату, коллежскому асессору Петру Алексеевичу Смирнову.